A primeira edição, realizada na noite de 31 de dezembro de 1925, contou com apenas 48 participantes na largada e foi vencida por Alfredo Gomes. Inicialmente restrita a brasileiros, a prova abriu espaço para estrangeiros residentes no país em 1927 e internacionalizou-se definitivamente após a Segunda Guerra Mundial, em 1945, assim a presença de corredores globais elevou o nível técnico, gerando um jejum de vitórias brasileiras que durou 34 anos, tabu quebrado apenas em 1980 com a vitória do pernambucano José João da Silva.
Com somente corredores homens , em categoria feminina foi introduzida apenas em 1975 mudando o estigma presente nas corridas tendo como destaque, Maria Zeferina Baldaia, ex-boia-fria que treinava descalça nos canaviais e venceu a prova em 2001, inspirada pela portuguesa Rosa Mota, a maior vencedora da história do evento, já no cenário masculino recente, Marilson Gomes dos Santos representa o Brasil como maior campeão brasileiro da fase internacional, somando três conquistas.
A história da São Silvestre é marcada também por trajetórias de superação, que inspiram novas gerações José João da Silva, que trabalhou na roça durante a infância, relata que sua vitória paralisou o país e gerou uma comoção comparável a uma Copa do Mundo, assim, diante de situações semelhantes, a competição destaca-se pelo caráter democrático, organizando as largadas em ondas para acomodar diferentes perfis que superaram diversos obstáculos em suas trajetórias.
O cronograma inicia com atletas cadeirantes e pessoas com deficiência, seguidos pela elite feminina e masculina, finalizando com o pelotão geral de amadores incentivando o evento, a transcender a competição esportiva, servindo como palco para realizações pessoais e celebração coletiva, onde os participantes se reconectam com marcos históricos da capital paulista.
